Ifølge Reuters fandt den første massakre sted tirsdag, da oprørere satte vejspærringer op ved byen Benisheik og derefter begyndte at meje trafikanter og fodgængere ned samt sætte ild til beboelser og bygninger. Her har myndighederne indtil videre registreret 143 dræbte.
Torsdag stod Boko Haram også bag drabene på mindst 16 mennesker i et angreb rettet mod rejsende på en motorvej fra Maiduguri til Bamboa, oplyser kilder fra politiet til Reuters.
Nigerias regeringshær meddelte tidligere på ugen, at den under en offensiv i Bono-provinsen havde dræbt 150 oprørere under angreb på flere af bevægelsens træningslejre.
Boko Haram har tidligere begået hævndrab mod indbyggere, der mistænkes for at have samarbejdet med regeringshæren, og massakren kan måske ses som et svar på regeringsoffensiven.
Siden foråret har der været indført undtagelsestilstand i provinsen, hvor Boko Haram står stærkt.
Bevægelsen, der har forbindelse til al-Qaeda, kæmper for at omdanne Nigeria til en islamistisk stat med den mest strikse sharialovgivning.
Boko Haram har tusindvis af menneskeliv på samvittigheden efter angreb på blandt andet kristne kirker, politistationer og regeringsbygninger.