Flere end 2000 skoler er blevet lukket, mens flere hundrede er blevet angrebet, plyndret eller sat ild til ifølge en vurdering fra Unicef.
Boko Harams seks års oprør har ødelagt det nordøstlige Nigeria og spredt sig til Cameroun, Chad og Niger.
Oprøret har været et ordentligt tilbageslag for uddannelse i regionen, lyder det.
- Volden har holdt mange mennesker ude af klasseværelset i mere end et år, hvilket har skabt risiko for, at de dropper helt ud af skolen, siger Manuel Fontaine, som er direktør for Unicef i Vest- og Centralafrika.
I det nordlige Cameroun er kun én ud af 135 lukkede skoler i 2014 blevet genåbnet.
Nigerias præsident, Muhammadu Buhari, har givet militæret en deadline til slutningen af måneden til at sejre over den militante gruppe.
Men den bliver formentlig udsat, da Boko Haram stadig bomber flere områder, selv om bevægelsen siden marts har mistet kontrollen over flere byer, vurderer BBC.
Oprøret har kostet omkring 17.000 mennesker livet og efterladt flere end to millioner mennesker hjemløse.
I forvejen vurderes det, at 11 millioner elever ikke går i skole i Nigeria, Cameroun, Chad og Niger.
I Nigeria alene er omkring 600 lærere blevet dræbt siden starten af oprøret.
Unicef har brug for knap 23 millioner dollar i 2016 for at tilbyde adgang til uddannelse for børn, som er ramt af konflikten i de tre lande.
/ritzau/dpa
