Det var et skænderi mellem to unge mænd, den ene kristen og den anden muslim, der forvandlede sig til en familiefejde og udløste sammenstødet.
De to parter kastede brandbomber mod hinanden, før sikkerhedsstyrker greb ind og afspærrede området omkring kirken.
Politiet anholdt otte personer efter cirka to timers slåskamp, oplyser en kilde til Reuters.
Kristne, der udgør omkring ti procent af Egyptens i alt 84 millioner indbyggere, har klaget over, at myndighederne har undladt at beskytte dem, siden Hosni Mubarak blev væltet i februar 2011, hvilket har givet radikale islamister frie tøjler.
I sidste måned blev mindst fem mennesker dræbt og mere end 80 andre såret i sammenstød mellem kristne og muslimer i Kairo efter en begravelse af fire kristne.
BNB/Reuters