Mindst fem ansatte blev anholdt ved aktionen, der fandt sted timer efter, at Egyptens præsident Mohamed Morsi blev afsat ved et militærkup.
En journalist fra Al Jazeera i Egypten oplyser ifølge nyhedsbureauet Reuters, at hans kolleger på kanalen blev anholdt, mens de arbejdede i studiet.
Stationen blev forhindret i at transmitere fra en demonstration til fordel for den nu afsatte præsident Mohamed Morsi, skriver Reuters.
Den egyptiske del af Al Jazeera begyndte at sende efter opstanden i Egypten i 2011, hvor den tidligere præsident Hosni Mubarak blev afsat, og stationen er af kritikere blevet beskyldt for at være positivt stemt over for Mohamed Morsis parti, Det Muslimske Broderskab.
BNB