De 13 drenge blev kvalt i røgen fra branden i en sovesal på skolen omkring klokken 2.40 om natten, fortæller naboer til skolen.
»13 drenge døde af kvælning efter at have indåndet for meget røg,« siger en talsmand for brandvæsnet.
Branden kan forværre den allerede anspændte stemning mellem forskellige religiøse grupper i landet.
43 blev dræbt i voldelige uroligheder i byen Meikhtila 20. marts, og siden har voldelige uroligheder spredt sig til 15 andre byer.
Øjenvidner fortæller, at det virkede, som om den overfyldte sovesalen havde været aflåst på grund af sikkerhedshensyn.
»Det lader til, at drengene ikke havde en chance for at slippe væk, da dørene var låst på grund af den ustabile sikkerhedssituation,« siger en indbygger i byen.
Ifølge myndighederne sker mange brande i området på grund af fejl i elektriske systemer.
BNB/Reuters